Hệ vi sinh vật đường ruột đóng một vai trò quan trọng trong quá trình tiêu hóa và giữ cho hệ miễn dịch khỏe mạnh. Qua khảo sát các chuyên gia nhận thấy có sự khác biệt giữa hệ vi sinh vật đường ruột của trẻ được sinh thường qua đường âm đạo của mẹ so với sinh mổ.
Thành phần của vi khuẩn đường ruột ở trẻ sinh mổ khác với trẻ sinh thường. Trẻ sinh thường tiếp xúc với vi khuẩn của mẹ khi sinh, vì thế sẽ có hệ vi sinh vật đường ruột phong phú hơn. Lúc mới sinh ra, cơ thể trẻ hoàn toàn vô khuẩn nhưng trong quá trình sinh tự nhiên qua đường âm đạo trẻ được nhận các vi khuẩn từ âm đạo và hệ vi sinh trong đường ruột của người mẹ, chủ yếu là Bacteroides, Lactobacillus và Bifidobacterium. Vi khuẩn này ảnh hưởng đến hệ vi sinh vật đường ruột và kích thích các tế bào bạch cầu, các thành phần khác của hệ thống miễn dịch. Từ những vi khuẩn ban đầu này, hệ vi sinh đường ruột ở trẻ em bắt đầu thiết lập.
Tổ chức y khoa châu Âu cũng cho biết, 50-55% trẻ sẽ gặp các vấn đề về hệ tiêu hóa, và tỷ lệ này ở trẻ sinh mổ còn lớn hơn nhiều. Trẻ sinh thường được thừa hưởng ở mẹ những vi khuẩn có lợi, từ đó hình thành vi khuẩn có ích trong đường ruột giúp trẻ tiêu hóa tốt hơn, giảm nguy cơ mắc các bệnh về dị ứng thức ăn, giảm tỉ suất mắc các bệnh nhiễm khuẩn đường ruột nhờ tạo nên môi trường sinh lý chống lại vi khuẩn gây bệnh. Mặt khác, vi khuẩn đường ruột còn tham gia tổng hợp vitamin K, B rất tốt cho sức khỏe của trẻ.
Nếu trẻ sinh theo hình thức sinh mổ, sẽ không có cơ hội tiếp xúc với các vi khuẩn trong hệ vi sinh của người mẹ vì thế dẫn đến sự mất cân bằng hệ vi sinh đường ruột của trẻ từ khi mới sinh.
Con người không thể sống và tồn tại nếu thiếu hệ vi sinh, nhất là các vi khuẩn có lợi. Chúng không chỉ giúp tiêu hóa thức ăn mà khi vào cơ thể, vi khuẩn có lợi còn sinh sôi phát triển, bám vào niêm mạc ruột, cạnh tranh, ức chế sự phát triển của các vi khuẩn có hại, trong đó có cả các vi khuẩn gây bệnh đường ruột.
Chủ tịch khoa miễn dịch học là Mario Clerici đã khẳng định: Cơ thể được hình thành nên từ 10.000 tỷ tế bào. Bên cạnh đó, lượng vi khuẩn tồn tại trong mỗi người cao gấp 10 lần số lượng tế bào đó, kể cả vi khuẩn có lợi và có hại. Hầu hết chúng đều tập trung ở hệ tiêu hóa. Cũng theo ông, mỗi người có khoảng 2kg vi khuẩn sinh sống trong đường ruột. Trong đó vi khuẩn có lợi chiếm khoảng 85% và vi khuẩn có hại chiếm khoảng 15%. Khi tỷ lệ này bị mất cân bằng thì các vi khuẩn có hại sẽ gia tăng gây suy giảm khả năng miễn dịch. Từ đó dẫn đến hậu quả là sức đề kháng kém dần, gây nên những bệnh lý viêm nhiễm, trong đó phải kể đến rối loạn tiêu hóa.
Các vi khuẩn đường ruột thực hiện nhiều nhiệm vụ bao gồm kết nối với hệ thống miễn dịch, bảo vệ cơ thể khỏi mầm bệnh và hỗ trợ tiếp cận chất dinh dưỡng từ thực phẩm. Một số thành phần của hệ vi sinh vật đường ruột phụ thuộc vào yếu tố di truyền. Vi khuẩn Christensenellaceae là một trong những loài phụ thuộc nhiều nhất vào di truyền học. Loài này có thể gây ra tình trạng rối loạn vi khuẩn khiến hệ vi sinh vật không khỏe mạnh.